1、根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室设实验室主任1名，副主任2名。实验室主任应是本领域高水平的学术，学科带头人，具有较强的组织管理和协调能力，年龄一般不超过六十岁。实验室主任由西北农林科技大学推荐，教育部聘任，报科技部备案。
2、实验室实行主任全面负责制。实验室主任对实验室科学研究、学术交流、财务、专职人员聘任、研究生教育，国有资产、行政后勤、安全卫生等实行统一管理。实验室内一切重大事宜经室务会讨论研究后实施。
3、实验室设立4个研究方向，每个研究方向设1位负责人，1位秘书。
4、每个研究方向设3—4个研究组，每个研究组设1名研究组组长，由研究室负责人指定，其职责是协助研究室负责人协调科研科研工作的开展。
5、根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室每年设开放课题和自主探索课题，主要用于支持具有创新思想的研究课题、新研究方向的启动和优秀年轻人才的培养。
6、实验室办公室协助主任、副主任处理日常事务。
7、根据科技部《国家重点实验室建设与管理暂行办法》的有关规定，实验室设立学术委员会。实验室学术委员会负责审议实验室的目标、任务、研究方向：评价研究成果、审核实验室年度工作总结并定期对实验工作进行评估；监督实验室运行管理工作和经费使用情况；审查和建议与实验室有关的主要学术活动和国际学术交流计划以及其他重大学术事宜。