一、开机：按下Power键，电源指示灯立即发亮，开始初始化，当显示屏出现4300 DNA Analyzer时开机完成。
二、胶的制备：本机带有宽25cm，长66cm，41cm两种玻板，可制0.2mm和0.25mm两种厚度的胶片。有48孔和64孔两种梳子。胶制作前应彻底清洗干净左右胶片夹和玻板，但不能用酒精、研磨剂或强腐蚀性清洁剂清洗玻璃板表面。
三、电泳：e-seq软件用于DNA测序，saga软件用于AFLP，SSR等分析。首先打开相应软件程序进行电泳条件设置，包括电流、电压数值熟人、泳道命名，分子标准重量确定，引物对命名等。然后，在Run new get中选择pre-run开始预电泳。预电泳完成后，正式上样，在scanner control中选择Run开始电泳。
四、条带回收和分析：利用Li-cor odyssey红外扫描仪自动完成。
五、关机：按下power键，再按start键，关机完成。