一、开机
1. 使用前，根据自己所要分离蛋白质的性质确定所需要的分离柱和缓冲液。
2. 先打开仪器，自检完成后，打开计算机，等计算机与仪器连接后再打开软件，此过程大约需要3-5分钟。
二、连接层析柱
1. 将纯水先抽滤脱气（使用0.22um的滤膜），然后选择流路连接到仪器上，先洗泵，然后给仪器一个流速和压力。选择的最高压力须小于柱子所能承受的压力极限。
2. 将柱子连接到仪器上，接柱子时，需等进液管中的液体流出来，将柱子的一头与进液管连接，先不要拧紧，等液体从柱子的另一头流出，再用接头将其与出液管相连拧紧，再将进液管拧紧，这样防止柱子中进入气泡，影响分离效果。
三、样品分析
1. 柱子接上以后，换上配好的缓冲液，用缓冲液平衡至仪器的各条基线都平后，再上样。
2. 上样时，样品必须通过滤膜过滤（0.22um)，具体上样体积视样品浓度而定，采用不同的上样环上样。
3. 根据层析柱的类型设置合适的程序进行样品的分析。
四、处理层析柱
1. 仪器使用完毕，切记要用纯水清洗泵和柱子，防止盐和离子结晶与泵和柱子使机器报废。若长期不用，再用20%的乙醇清洗系统和柱子，防止泵和柱子生长微生物。
2. 所有实验操作完成后，先退出程序，再关仪器，最后关闭电脑。
注意
仪器的pH计每个月需要校准一次，紫外流动池每三个月需要清洗一次。